Срок проведения налоговой проверки, указываемый в предписании, не должен превышать тридцать рабочих дней с даты вручения предписания, если иное не установлено настоящей статьей.

Срок проведения налоговой проверки может быть продлен:

1) для юридических лиц, не имеющих структурных подразделений, индивидуальных предпринимателей и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии не более одного места нахождения в Республике Казахстан, за исключением случаев, указанных в подпункте 2) настоящего пункта:
налоговым органом, назначившим налоговую проверку, – до сорока пяти рабочих дней;

вышестоящим налоговым органом – до шестидесяти рабочих дней;
2) для юридических лиц, имеющих структурные подразделения, и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии более одного места нахождения в Республике Казахстан, а также для налогоплательщиков, подлежащих налоговому мониторингу:

налоговым органом, назначившим налоговую проверку, – до семидесяти пяти рабочих дней;

вышестоящим налоговым органом – до ста восьмидесяти рабочих дней.

Течение срока проведения налоговой проверки может приостанавливаться налоговыми органами на период:
вручения налогоплательщику (налоговому агенту) требования налогового органа о представлении сведений и (или) документов и представления налогоплательщиком (налоговым агентом) запрашиваемых при проведении налоговой проверки сведений и (или) документов;

направления запроса налогового органа в другие территориальные налоговые органы, государственные органы, банки и организации, осуществляющие отдельные виды банковских операций, и иные организации, осуществляющие деятельность на территории Республики Казахстан, и получения сведений и (или) документов по указанному запросу;
направления в иностранные государства запроса о предоставлении информации и получения по нему сведений налоговыми органами в соответствии с международными соглашениями;
подготовки письменного возражения налогоплательщиком (налоговым агентом) на предварительный акт налоговой проверки и его рассмотрения налоговым органом в порядке, определенном законодательством Республики Казахстан.
При этом налоговый орган, осуществляющий налоговую проверку, обязан вручить налогоплательщику (налоговому агенту) под роспись или направить ему по почте заказным письмом с уведомлением либо электронным способом извещение о приостановлении или возобновлении налоговой проверки не позднее трех рабочих дней с даты приостановления или возобновления с уведомлением органа правовой статистики. При этом извещение о приостановлении или возобновлении налоговой проверки считается врученным налогоплательщику (налоговому агенту) электронным способом с даты доставки такого извещения налоговым органом в веб-приложение. Данный электронный способ распространяется на налогоплательщика, зарегистрированного в качестве электронного налогоплательщика в порядке, определенном статьей 86настоящего Кодекса.

Срок приостановления по основаниям, установленным пунктом 4 настоящей статьи, не включается в срок налоговой проверки:

1) налогоплательщиков, подлежащих налоговому мониторингу;
2) проводимой в связи с ликвидацией юридического лица-резидента, структурного подразделения юридического лица-нерезидента, прекращением юридическим лицом-нерезидентом деятельности, осуществляемой в Республике Казахстан через постоянное учреждение, прекращением деятельности индивидуального предпринимателя;

3) тематических проверок по вопросам:
трансфертного ценообразования;

подтверждения достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, предъявленных к возврату;

проверок налоговых агентов по возврату подоходного налога из бюджета на основании заявления нерезидента;

изложенным в жалобе налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах проверки;

4) проводимой по основаниям, предусмотренным Уголовно-процессуальным кодексом Республики Казахстан;

5) в случае выставления налогоплательщику (налоговому агенту) требования налогового органа о представлении документов (сведений) в ходе проведения налоговых проверок в соответствии со статьей 161 настоящего Кодекса;
6) в случаях выставления налогоплательщику (налоговому агенту) предварительного акта налоговой проверки, а также рассмотрения налоговым органом письменного возражения налогоплательщика (налогового агента) к предварительному акту налоговой проверки в порядке, определенном законодательством Республики Казахстан.